1900. године је Бугарско друштво црвеног крста отворило своју болницу крај Софије, која је била део школе за милосрдне сестре. Идеју о њеном оснивању дали су бугарски лекари који су дипломирали у Русији, Француској, Аустрији, Немачкој и САД. Убрзо након свог отварања постала је водећи центар за медицинску помоћ у Софији.

Захваљујући донацијама болница развија широку социјалну делатност. У њеној организацију отворене су пољске болнице у Другом светском рату. После 1945. године болница „Црвени крст,“ како се у то време звала болница „Н. И. Пирогов,“ постала је главна база за пружање хитне помоћи у Бугарској. Године 1947. организовала је прву санитарну авијацију у земљи. Од 1951. године болница носи име руског хирурга и анатома Николаја Ивановича Пирогова који је утемељивач војно-пољске хирургије.