ХVІ век ражда ново направление във възгледите за лечението на болестите чрез лекарства, така наречената ятрохимия или хемиятрия, чиято цел е алхимията и свързаната с нея средновековна мистика да се поставят в услуга на медицината. Създател на ятрохимията е швейцарският лекар, естественик, алхимик, астролог и философ Теофраст Парацелз. Според него действието на лекарствата е специфично, а не универсално. И до днес е известна фразата му, че „не трови отровата, а дозата”, защото „всички вещества са отровни. Няма такива, които не са. Само дозата разграничава отровата от лекарството”.
Философската мисъл през ХVІІ в. тълкува музиката като теоретична дисциплина, която е тясно свързана с математиката и физиката. В същото време античната идея за нравственото или етосното въздействие на музиката придобива нови измерения. Под формата на „теория на афектите” се възражда интересът към способността на музиката да предизвиква определени емоционални състояния.
В Европа през ХVІ и ХVІІ в. съществуват ясни идеи за това как музиката може да лекува болести, кои страдания са свързани с музиката и защо тя може да лекува или наранява човешкото същество.
През този период връзката на музиката и медицината се проявява по два отделни пътя, които всъщност са дълбоко свързани. Според първия слушането на музика или нейното изпълнение може да бъде замислено като лек за определени страдания, като подкрепа на възстановяващия се или като преобръщане на причината за заболяването. Тук се споменават предимно болести, свързани с ума и съзнанието, за главна от които в тези векове се смята меланхолията. Второто направление за музикотерапията е свързано с важната роля на музиката в медицинската мисъл като модел на свръхестествен феномен, в дълбок план разбиран като единство на тяло, съзнание и душа. В това отношение трудовете на немските писатели Грегор Райш и Хайнрих Корнелиус Агрипа са ценен извор за астрологичната медицина и психология на темпераментите.
