En 1900, la Sociedad de la Cruz Roja de Bulgaria abrió en las inmediaciones de la capital Sofía su propio hospital como parte de la Escuela de Enfermeras. Los promotores de la idea de fundar este hospital fueron los decenas de galenos búlgaros que se graduaron y se especializaron en Rusia, Francia, Austria, Alemania y Estados Unidos.

El nuevo centro sanitario pronto se estableció como una unidad primordial en el sistema de atención de salud en Sofía y con la ayuda de donantes empezó a desarrollar una amplia actividad social. También organizó hospitales de campaña durante la Segunda Guerra Mundial. Después de 1945, el Hospital de la Cruz Roja se convirtió en centro principal de los servicios de emergencias médicas de Bulgaria. En 1947 también organizó el transporte aéreo sanitario en el país. Desde 1951 el Hospital de Urgencias lleva el nombre del cirujano de campo ruso Nikolay Pirogov (1810 − 1881).